Iako se akutni manjak kisika može brzo prepoznati, kronični (dugotrajni) manjak često prolazi nezamijećeno – no s vremenom može imati ozbiljne posljedice. Kada tijelo danima, tjednima ili mjesecima ne dobiva dovoljno kisika, dolazi do postupnog pogoršanja različitih sustava u organizmu.
Jedan od učinaka je smanjenje tjelesne izdržljivosti. Osoba osjeća umor već pri najmanjim naporima, što dovodi do smanjenja aktivnosti i pogoršanja kondicije. Zbog oslabljenog imunološkog odgovora, povećava se sklonost infekcijama, osobito respiratornima.
Kod kronične hipoksije često dolazi i do problema s pamćenjem, stalnog osjećaja hladnoće, gubitka teka i nesanice. U ekstremnim slučajevima, ako se ne liječi, može uzrokovati oštećenja organa, posebno srca i mozga, te povećati rizik od razvoja plućne hipertenzije.
Rana dijagnoza i liječenje uzroka niskog zasićenja kisikom (npr. plućne bolesti, problemi s disanjem u snu) ključni su za sprječavanje ozbiljnih posljedica.